L’accélération de l’usage des données moléculaires laisse peu de répit aux mycologues de tout bord et qui peuvent parfois se sentir en décalage avec cette avalanche de résultats, d’autant qu’il n’est pas toujours aisé de juger de leur pertinence (y compris pour les plus chevronnés d’entre nous). Et comme nous participons d’une certaine manière à cette évolution des connaissances à travers nos publications, il nous a semblé souhaitable de vous apporter une vue d’ensemble de cette production pas toujours facilement accessible, soit parce que publiée dans des revues payantes, soit à cause de la barrière de la langue, la plupart des papiers étant en anglais. Par ces synthèses régulières, nous essaierons d’apporter notre point de vue sur ces nouveautés et ces changements, ainsi que leurs implications taxinomiques.

 

Note n° 1 - février 2021
Pour inaugurer cette rubrique d’informations sur les nouveautés de la systématique des Ascomycota, nous proposons un aperçu de quelques changements importants opérés en 2020. Il s’agit bien d’un aperçu car ce sont plus de 3350 changements qui sont intervenus cette année d’après les données issues de la base MycoBank, qu’il s’agisse de nouveautés ou de combinaisons.
 

Sareomycetes

Beimforde et al. (2020) proposent une nouvelle classe Sareomycetes pour accueillir les espèces du genre Sarea Fr., bien connues pour leur développement sur résines de conifères. Jusqu’à maintenant, ce genre était placé avec une certaine incertitude dans l’ordre des Trapeliales, classe Lecanoromycetes (Lumbsch & Huhndorf, 2010 ; Jaklitsch et al., 2016). Grâce à des analyses moléculaires basées sur différentes combinaisons de 7 marqueurs génétiques, les auteurs de l’étude ont pu montrer que le genre n’appartenait pas aux Lecanoromycetes, sans parvenir à le rattacher à un ordre bien défini. En conséquence, ils proposent de l’intégrer au sein de sa propre famille, Sareaceae, ordre Sareales et donc classe Sareomycetes.

Sarea resinacea
Sarea resinacea © N. Van Vooren
Références :
Beimforde C., Schmidt A.R., Rikkinen J. & Mitchell J.K. 2020. Sareomycetes cl. nov.: A new proposal for placement of the resinicolous genus Sarea (Ascomycota, Pezizomycotina). Fungal Systematics and Evolution, 6: 25-37. doi: 10.3114/fuse.2020.06.02
Jaklitsch W., Baral H.-O., Lücking R. & Lumbsch H.T. 2016. Ascomycota. In: Frey W. (ed). Syllabus of plant families — Adolf Engler’s Syllabus der Pflanzenfamilien. Stuttgart, Borntraeger, 322 p.
Lumbsch H.T. & Huhndorf S.M. 2010. Myconet Volume 14. Part One. Outline of Ascomycota–2009. Part Two. Notes on Ascomycete Systematics. Nos. 4751–5113. Fieldiana, 1: 1-64.

Leotiomycetes

▶ Ekanayaka et al. (2019) ont proposé une nouvelle famille Solenopeziaceae pour accommoder certains genres placés précédemment dans les Lachnaceae, reprenant les hypothèses formulées précédemment (Han et al., 2014 ; Baral, in Jaklitsch et al., 2016), mais en y intégrant d’autres genres malgré un support statistique faible dans leur phylogénie. De l’avis de plusieurs spécialistes des Leotiomycetes, le papier d’Ekanayaka et al. (2019) est loin de tout reproche, mais c’est un autre sujet. C’est donc pour « corriger » ce choix de constituer une famille paraphylétique que Johnston & Baschien (2020) ont entrepris de clarifier cette situation par des analyses moléculaires à plusieurs gènes, corrélées aux données morphologiques des espèces concernées. Ainsi la famille Tricladiaceae est proposée pour accueillir les genres Cudoniella Sacc., Geniculospora Marvanová & Sv. Nilsson, Graddonia Dennis, Halenospora E.B.G. Jones, Mycofalcella Marvanová, Om-Kalth. & J. Webster, Spirosphaera Beverw. et Tricladium Ingold. Si plusieurs de ces genres ne sont connus qu’à travers des champignons asexués, ils ont tous en commun d’être associés à des milieux humides, voire aquatiques. La famille Solenopeziaceae dont le genre-type est Solenopezia Sacc. est donc réduite à celui-ci ainsi qu’aux genres Trichopeziza Fuckel, Trichopezizella Dennis ex Raitv. et Lasiobelonium Ellis & Everh., un résultat plus conforme aux données morphologiques et au mode de vie de ces discomycètes.

Tricladium splendens
Tricladium splendens © C. Yeates

▶ Quelques combinaisons nouvelles produites par Baral & Quijada (2020) sont à noter parmi toutes celles proposées :

- Claussenomyces atrovirens (Pers.) Korf & Abawi est combiné dans le genre Vexillomyces S. Bien, C. Kraus & Damm, récemment créé pour deux espèces connues de leurs stades asexués et provenant de cultures issues de spores isolées sur de la vigne (Bien et al., 2019).
- Sclerotinia cirsii-spinosissimi Senn-Irlet est combiné dans le genre Botrytis Haller. ; pas d’explication comme pour toutes ces combinaisons sèches, mais on peut supposer que des données moléculaires ont placé cette espèce dans ce genre dont le nom fait l’objet d’une « protection » contre Botryotinia (Johnston et al., 2014).
- Deux taxons basculent dans le genre Lachnellula P. Karst., bien connu pour ses espèces parasites poussant sur différents conifères : Perrotia succina (W. Phillips) Dennis et P. populina (Seaver) Dennis. A notre connaissance, ce sont les premières espèces du genre poussant sur feuillus, Quercus et Salix pour la première, Populus pour la seconde.
- Velebitea chrysotexta I. Kušan, Matočec & Jadan est combiné dans le genre Dasyscyphella ; ce genre récent (in Phookamsak et al., 2019) tombe de facto en synonymie avec ce dernier.
 

▶ Des résultats de travaux sur les familles Hyaloscyphaceae et Arachnopezizaceae ont été publiés par Kosonen et al. (2020). L’analyse multigènes, associée aux données morphologiques, nous apportent les enseignements suivants : 1) le genre Eupezizella Höhn. est réhabilité pour accueillir les anciens Hyaloscypha dont les poils présentent de robustes exsudats, tels que H. aureliella (Nyl.) Huhtinen ou H. britannica Huhtinen ; 2) le genre Mimicoscypha est créé pour accueillir un groupe d’espèces comprenant Hyaloscypha paludosa Dennis nom. illeg., H. paludosa Velen., et Phialina lacrimiformis Hosoya ; 3) le genre Resinoscypha est créé pour accueillir deux anciens Arachnopeziza, A. monoseptata (R. Galán & Raitv.) Huhtinen et A. variepilosa (R. Galán & Raitv.) Huhtinen, caractérisés par la matière résineuse des poils fixée au sommet et au niveau des cloisons. On apprend également que le genre Arachnoscypha Boud. est exclus des Arachnopezizaceae.

Arachnoscypha castanea
Arachnoscypha aranea © M. Hairaud
 
Références :
Baral H.-O. & Quijada L. 2020. Nomenclatural novelties. Index Fungorum, 454: 1-3.
Bien S., Kraus C. & Damm U. 2019. Novel collophorina-like genera and species from Prunus trees and vineyards in Germany. Persoonia, 45: 46-67. doi: 10.3767/persoonia.2020.45.02
Ekanayaka A.H., Hyde K.D., Gentekaki E., McKenzie E.H.C., Zhao Q., Bulgakov T.S. & Camporesi E. 2019. Preliminary classification of Leotiomycetes. Mycosphere, 10 (1): 310-489. doi: 10.5943/mycosphere/10/1/7
Han J.G., Hosoya T., Sung G.H. & Shin H.D. 2014. Phylogenetic reassessment of Hyaloscyphaceae sensu lato (Helotiales, Leotiomycetes) based on multigene analyses. Fungal Biology, 118: 150-167. doi: 10.1016/j.funbio.2013.11.004
Jaklitsch W., Baral H.-O., Lücking R. & Lumbsch H.T. 2016. Ascomycota. In: Frey W. (ed). Syllabus of plant families — Adolf Engler’s Syllabus der Pflanzenfamilien. Stuttgart, Borntraeger, 322 p.
Johnston P.R. & Baschien C. 2020. Tricladiaceae fam. nov. (Helotiales, Leotiomycetes). Fungal Systematics and Evolution, 6: 233-242. doi: 10.3114/fuse.2020.06.10
Johnston P.R., Seifert K.A., Stone J.K., Rossman A.Y. & Marvanová L. 2014. Recommendations on generic names competing for use in Leotiomycetes (Ascomycota). IMA Fungus, 5 (1): 91-120. doi: 10.5598/imafungus.2014.05.01.11
Kosonen T., Huhtinen S. & Hansen K. 2020. Taxonomy and systematics of Hyaloscyphaceae and Arachnopezizaceae. Persoonia, 46: 26-62. doi: 10.3767/persoonia.2021.46.02
Phookamsak R., Hyde K.D., Jeewon R., et al. 2019. Fungal diversity notes 929–1035: taxonomic and phylogenetic contributions on genera and species of fungi. Fungal Diversity, 95: 1-273. doi: 10.1007/s13225-019-00421-w

Orbiliomycetes

Incontestablement, la monographie des Orbiliomycetes publiée par Baral et al. (2020) restera un des événements marquants de l’année 2020. Nous l’avons déjà évoqué dans nos colonnes et l’information a été largement relayée sur les bons forums. C’est un ouvrage majeur qui met en lumière la biologie et la taxinomie de ce vaste groupe de petits discomycètes. Si vous avez loupé cette information, vous deviez être sur une autre planète.

Références :
Baral H.-O., Weber E. & Marson G. 2020. Monograph of Orbiliomycetes based on vital taxonomy. Muséum national d’Histoire naturelle du Luxembourg, 2 vols.,1752 p.

Sordariomycetes

▶ Hyde et al. (2020) ont actualisé leur catalogue des Sordariomycetes, le précédent datant de 2016 (Maharachchikumbura et al., 2016) listant les différents ordres, familles et genres composant cette vaste classe. Des analyses moléculaires ont été conduites pour améliorer la connaissance des affinités phylogénétiques de certains groupes. Il en résulte 1 nouvelle sous-classe (Pisorisporiomycetidae), 2 nouveaux ordres (Catabotryales, Cephalothecales) et 3 nouveaux genres (Alishanica, Murinectria, Hyalinostachys), sans compter les espèces nouvelles et les combinaisons. Autant le dire, avec une telle masse de données, il est bien difficile de faire une évaluation objective de tous les résultats, d’autant que la mise en page n’aide pas le non-spécialiste à s’y retrouver. Par exemple, sur la définition des ordres nouveaux, il n’est pas fait mention de la figure illustrant la phylogénie correspondante. Pas simple de s’y retrouver lorsque c’est noyé au milieu du reste.

▶ Marin-Felix et al. (2020) ont proposé une révision de la famille Lasiosphaeriaceae considérée comme paraphylétique (c’est-à-dire comprenant des genres n’ayant pas d’ancêtre commun). Ces travaux concernent principalement des taxons coprophiles et entament ainsi un travail de reclassification dans des genres tels que Podospora Ces., Schizothecium Corda, Triangularia Boedijn, etc. caractérisés notamment par des ascospores présentant un ou plusieurs appendices, parfois avec une enveloppe gélatineuse. 35 nouveaux taxons sont publiés dont 3 nouvelles familles. On pourra apprécier la présence de plusieurs clés de détermination.

▶ Fournier et al. (2020) ont proposé la troisième et dernière partie de leur série consacrée aux Xylaria des Petites Antilles françaises. Cette dernière partie était consacrée aux espèces à stroma élancé, soit un total de 35 taxons présentés, dont 4 espèces nouvelles et 1 variété nouvelle. Cette série aura permis de découvrir toute la diversité de genre dans cette partie de l’Outre-Mer. Nos collègues ont vraiment produit un immense travail et ont montré qu’il existait encore un espace pour la taxinomie descriptive dès lors qu’on s’en donne les moyens.

Xylaria muscula
Xylaria muscula © J. Fournier
Références :
Fournier J., Lechat C. & Courtecuisse R. 2020. The genus Xylaria sensu lato (Xylariaceae) in Guadeloupe and Martinique (French West Indies) III. Taxa with slender upright stromata. Ascomycete.org, 12 (3): 81-164. doi: 10.25664/art-0302
Hyde K.D., Norphanphoun C., Maharachchikumbura S.S.N., et al. 2020. Refined families of Sordariomycetes. Mycosphere, 11 (1): 305-1059. doi: 10.5943/mycosphere/11/1/7
Maharachchikumbura S.S.N., Hyde K.D., Jones E.B.G., et al. 2016. Families of Sordariomycetes. Fungal Diversity, 79: 1-317. doi: 10.1007/s13225-016-0369-6
Marin-Felix Y., Miller A.N., Cano-Lira J.F., Guarro J., García D., Stadler M., Huhndorf S.M. & Stchigel A.M. 2020. Re-Evaluation of the order Sordariales: Delimitation of Lasiosphaeriaceae s. str., and introduction of the new families Diplogelasinosporaceae, Naviculisporaceae, and Schizotheciaceae. Microorganisms, 9 (1430): 1-39. doi: 10.3390/microorganisms8091430

Pezizomycetes

▶ Les Pezizaceae ont été mis à l’honneur récemment avec un article publié dans notre revue. Van Vooren (2020) a proposé une mise à jour de la phylogénie initiée par Hansen et al. (2005). S’appuyant sur les travaux ayant démontré que le genre Peziza Fr. était paraphylétique et grâce à l’apport de nouvelles séquences provenant notamment de plusieurs types, Van Vooren (2020) a proposé de nommer certaines des lignées supportées par les analyses moléculaires dès lors qu’il était possible d’y associer des caractères morphologiques et des données écologiques ou encore leur style de vie. Il devenait difficile de maintenir l’unité du genre Peziza sur le seul critère de la réaction amyloïde des asques — elle-même montrant une hétérogénéité d’aspect —, alors que de grandes disparités morphologiques existaient entre les espèces. Bien qu’entraînant de nombreux changements, cette classification apparaît comme plus "naturelle".
Des anciens noms de genre ont ainsi été réhabilités tels que Geoscypha (Cooke) Lambotte, Daleomyces Setch., Galactinia (Cooke) Boud. ou encore Phaeopezia (Vido) Vido, tandis que plusieurs genres nouveaux ont été proposés pour les clades "orphelins" : Elaiopezia, Legaliana, Paragalactinia, Phylloscypha et Ionopezia. Une section du genre Peziza, Purpureodiscus, a également été élevée au rang de genre. A noter qu’une clé des genres épigés de Pezizaceae a été mis en ligne sur notre site en fin d’année dernière (https://doi.org/10.25664/key-0009). Sans être exhaustif, voici quelques-uns des nouveaux noms qui découlent de ces changements :

Phylloscypha phyllogena
Phylloscypha phyllogena © N. Van Vooren
- Peziza violacea Pers. est réhabilité sous le nom Geoscypha violacea et concerne la pézize violette à spores lisses venant sur places brûlées ; les noms P. violacea s. Dennis, P. lobulata (Velen.) Svrček et P. pseudoviolacea Donadini tombent en synonymie.
- Daleomyces phillipsii est le nom qu’il faut désormais donner à la pézize en forme de sparassis, P. proteana f. sparassoides (Boud.) Korf. La forme « classique », P. proteana (Boud.) Seaver tombe en synonymie avec P. petersii Berk., sous le nom Daleomyces petersii.
- Ionopezia gerardii est le nom applicable à l’ancien P. gerardii Cooke, espèce à spores fusoïdes, finement striées longitudinalement.
- Legaliana est un nouveau genre qui s’applique à P. badia Pers., P. limnaea Maas Geest., P. alaskana E.K. Cash, P. badiofuscoides Donadini, etc. des espèces qui ont en commun un hyménium de couleur sombre et des spores généralement biguttulées et ornées des verrues étirées ou en crêtes.
- Les pézizes à chair succulente produisant un suc jaunâtre sont combinées dans le nouveau genre Paragalactinia. On y trouve donc P. succosa Berk., P. michelii (Boud.) Dennis, P. berthetiana Donadini, etc.
- Le genre Galactinia est réhabilité avec comme espèce type, G. saniosa (Schrad.) Sacc., cette pézize à chair succulente produisant un suc bleu roi.
- Le genre Phaeopezia est réhabilité avec comme espèce type, P. apiculata, en attendant de débrouiller les autres espèces à spores apiculées.
- Peziza phyllogena Cooke (syn. Aleuria olivacea Boud.) intègre le nouveau genre Phylloscypha, tout comme P. boltonii Quél. ou P. labessiana (Boud.) Sacc. & Traverso ; elles sont caractérisées par une chair violacée et des spores verruqueuses contenant des amas de granules aux pôles.
- Peziza subisabellina (Le Gal) Hohmeyer, Ludwig & Schmid vient intégrer le genre Purpureodiscus.
 

▶ A noter également une publication de Knapp et al. (2020) concernant un nouveau genre hypogé, Babosia, et une espèce nouvelle dans le genre hypogé Stouffera, tous deux récoltés en Hongrie et venant s’insérer dans la lignée /Marcelleina-Ionopezia. Une autre publication d’Aman et al. (2020) présente une nouvelle "truffe" récoltée au Pakistan, Ahmadea dalanensis gen. et sp. nov. qui vient prendre position dans cette lignée. Ces découvertes renforcent l’idée que tout ce groupe avec les Ionopezia, les Hydnobolites, les Delastria et les Marcelleina forme une lignée d’espèces mycorhiziennes.

▶ Miller et al. (2020) ont publié un article consacré au "complexe" Gyromitra gigas avec pour objectif d’évaluer les parentés génétiques entre les taxons de ce groupe à travers un échantillonnage provenant de nombreux pays européens, nord-américains et asiatiques. Pas de nouveautés taxinomiques, mais des clarifications. L’enseignement majeur est que, malgré une morphologie quasi-identique, G. ticiniana Littini — espèce européenne — et G. korfii (Raitv.) Harmaja — espèce connue de l’est des États-Unis et du Canada — sont génétiquement différentes. Notons que cet article initie une série de papiers sur le genre Gyromitra qui paraîtront dans les prochains mois.

Gyromitra gigas
Gyromitra gigas © N. Van Vooren
 
Références :
Aman N., Khalid A.N. & Moncalvo J.M. 2020. Ahmadea dalanensis gen. and sp. nov., an edible truffle from Pakistan. Studies in Fungi, 5 (1): 452-461. doi: 10.5943/sif/5/1/26
Hansen K., LoBuglio K.F. & Pfister D.H. 2005. Evolutionary relationships of the cup-fungus genus Peziza and Pezizaceae inferred from multiple nuclear genes: RPB2, β-tubulin, and LSU rDNA. Molecular Phylogenetics and Evolution, 36 (1): 1–23. doi: 10.1016/j.ympev.2005.03.010
Knapp D.G., Zagyva I., Vági P., Németh J.B., Trappe J.M. & Kovács G.M. 2020. The new truffle genus Babosia and a new species of Stouffera from semiarid grasslands of Hungary. Mycologia, 112 (4): 808-818. doi: 10.1080/00275514.2020.1768760
Miller A.N., Yoon A., Gulden G., Stensholt Ø., Van Vooren N., Ohenoja E. & Methven A.S. 2020. Studies in Gyromitra I: the Gyromitra gigas species complex. Mycological Progress, 19: 1459-1473. doi: 10.1007/s11557-020-01639-8
Van Vooren N. 2020. Reinstatement of old taxa and publication of new genera for naming some lineages of the Pezizaceae (Ascomycota). Ascomycete.org, 12 (4): 179-192. doi: 10.25664/art-0305

Dothideomycetes

La classe des Dothideomycetes, traditionnellement dénommée Loculoascomycètes, représente l’un des plus vastes groupes de plusieurs milliers d’espèces au sein des Ascomycota. Plusieurs papiers ont été consacrés à cette classe en 2020.

▶ On peut notamment évoquer l’article de Haridas et al. (2020) qui publient les résultats du séquençage du génome de 101 espèces et de leur comparaison. Au-delà de l’analyse génétique ayant permis de reclasser 25 espèces, l’étude a utilisé un algorithme de machine learning (technique employée en intelligence artificielle) pour déterminer les traits séparant les espèces saprophytes des parasites, dans l’objectif de prédire le style de vie d’autres Dothideomycetes à découvrir. On peut imaginer que cette approche est encore assez coûteuse et difficilement généralisable, mais elle devrait trouver un intérêt pour prévenir l’apparition ou l’extension de maladies d’origine fongique par une meilleure évaluation du trophisme de ces organismes. Parmi les nouveautés taxinomiques, on notera la création d’une nouvelle famille, Rhizodiscinaceae, ayant comme genre type, Rhizodiscina Hafellner, comprenant R. lignyota (Fr.) Hafellner, un petit champignon bien connu des mycologues s'intéressant aux ascomycètes xylophiles.

▶ Hongsanan et al. (2020a, 2020b) ont proposé deux gros pavés dans le même format que celui cité pour les Sordariomycètes, avec leur lot de nouveautés et de reclassements. On peut s’interroger sur ce format hybride entre catalogue systématique et catalogue de descriptions qui engendre des papiers dont le volume est difficilement digérable (855 pages en cumulant les deux). Certes le sujet est vaste, mais comment font les relecteurs pour apporter un regard critique sur un tel travail ? Au milieu de tout cela, nous avons noté par exemple le nouvel ordre Catinellales, mono-famille des Catinellaceae, typé par le bien connu Catinella olivacea (Batsch) Boud.

Catinella olivacea
Catinella olivacea © N. Van Vooren
 
Références :
Haridas S., Albert R., Binder M., et al. 2020. 101 Dothideomycetes genomes: A test case for predicting lifestyles and emergence of pathogens. Studies in Mycology, 96: 141-153. doi: 10.1016/j.simyco.2020.01.003
Hongsanan S., Hyde K.D., Phookamsak R., et al. 2020a. Refined families of Dothideomycetes: Dothideomycetidae and Pleosporomycetidae. Mycosphere, 11: 1553-2107. doi: 10.5943/mycosphere/11/1/13
Hongsanan S., Hyde K.D., Phookamsak R., et al. 2020b. Refined families of Dothideomycetes: orders and families incertae sedis in Dothideomycetes. Fungal Diversity, 105: 17-318. doi: 10.1007/s13225-020-00462-6